Ο σύγχρονος οικισμός της Νίψας είναι κτισμένος περίπου 20 χλμ. βορειοανατολικά της Αλεξανδρούπολης. Κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας το χωριό είναι γνωστό με το όνομα Δομούζ Δερέ και κατοικείται κυρίως από Βουλγάρους. Το 1924 η Νίψα αναγνωρίζεται ως κοινότητα του ελληνικού κράτους και εγκαθίστανται στο χωριό Πόντιοι πρόσφυγες, όπως και στα γειτονικά χωριά Πεύκα και Αετοχώρι.

Πέντε χιλιόμετρα βορειοδυτικά του σημερινού χωριού, βρίσκονται τα ερείπια της παλιάς Νίψας, που ερημώθηκε κατά τη διάρκεια του ελληνικού εμφυλίου, μεταξύ 1947 και 1950 Μπορεί κανείς να φτάσει εύκολα μέσω βατής διαδρομής. Εκεί υπάρχει ακόμα ναός του 19ου αιώνα, πιθανώς αφιερωμένος στο Γενέσιο της Θεοτόκου, με ξεχωριστό καμπαναριό. Πάνω από τη νότια πύλη του ναού υπάρχει επιγραφή με τη χρονολογία 1844, που προσδιορίζει την ανέγερσή του.

Κοντά στη Νίψα του Έβρου οι αρχαιολογικές έρευνες εντόπισαν τείχη αρχαίας ακρόπολης, που χρονολογήθηκε τον 9ο αιώνα π. Χ. Στο σημείο βρέθηκε ακόμα λαξευτός τάφος, ενώ ανατολικότερα της Νίψας, έχει ανακαλυφθεί προϊστορικό ιερό των αρχαίων Θρακών, με λαξευτά σύμβολα του ήλιου, βωμό και αστρικούς σχηματισμούς. Οι επιστήμονες καταλήγουν στο συμπέρασμα πως λατρευόταν εδώ ο ήλιος και τα αστέρια ως θεότητες. Σε άλλη θέση, βόρεια της Νίψας αυτή τη φορά, οι αρχαιολόγοι έχουν ανακαλύψει βραχογραφίες με ανθρωπόμορφα σχέδια.

Σύμφωνα με τον Όμηρο, που περιγράφει το λαό της Θράκης με το όνομα Κίκονες, ο ιερέας των Κικόνων Μάρωνας ζούσε σε ένα ιερό άλσος. Σήμερα οι μελετητές το ταυτίζουν με την δασώδη περιοχή πέριξ της Νίψας του Έβρου.